Sequentia desarrolla Gaia, el primer software cloud que ofrece metagenómica comparativa en tiempo real

Sequentia Biotech, con sede en el Parc Científic de Barcelona (PCB), ha desarrollado Gaia, un software cloud de metagenómica para genética humana, animal y vegetal que trabaja a nivel de cualquier organismo (eucariotas, procariotas y virus) e integra automáticamente todos los niveles de la clasificación taxonómica con la funcional (desde el reino hasta la subespecie) en tan sólo 12 horas. Además es la primera herramienta bioinformática que permite comparar las muestras en tiempo real.

Gaia es una plataforma cloud computing que se distribuye en la modalidad SaaS (‘Software as a Service’) – basada en la facturación por el consumo–  y, además es muy intuitiva, requiere muy poco entrenamiento y cualquier investigador que no sea experto en bioinformática la puede utilizar, por lo que reduce considerablemente los costes en inversiones en servidores, licencias y formación del equipo.

Sequentia Biotech fue fundada por dos jóvenes investigadores, Walter Sanseverino  y Riccardo Aiese Cigliano, con auténtica pasión por la genética y las ciencias ‘ómicas’, y dio sus primeros pasos en enero de 2013 como spin-off del Centre de Recerca Agrigenómica (CRAG), un consorcio formado por el CSIC, el IRTA, la UAB y la UB. Su misión es crear know-how propio para mejorar la accesibilidad a la información producida por las tecnologías de secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing, NGS) a la comunidad científica.

La metagenómica (genómica ambiental o genómica de comunidades) es el análisis del metagenoma: el conjunto del ADN de los diversos microorganismos presentes en un hábitat. Se trata de un campo nuevo de la genómica que busca obtener y analizar mediante tecnologías NGS secuencias del genoma de los microorganismos que componen una comunidad sin aislarlos o cultivarlos in vitro, lo que permite obtener información, no sólo de la estructura de la comunidad (diversidad, distribución, etc.), sino también de la función de sus ‘miembros’. La metagenòmica constituye un gran reto para la bioinformática debido a la ingente cantidad de datos resultante de la mezcla de genomas de cientos de microorganismos presentes en una muestra. Con el desarrollo de Gaia, Sequentia Biotech quiere dar respuesta a este gran desafío.

“Se trata de una herramienta bioinformática online que proporciona análisis de datos metagenómicos a partir de muestras ambientales, lo que constituye una gran ventaja, ya que se estima que con losmétodos tradicionales, basados en el aislamiento y cultivo de microorganismos in vitro, se “pierden” entre 90-99% de los microbios de la muestra”, explica Walter Sanseverino, cofundador y CEO de Sequentia.

Además trabaja a nivel de cualquier organismo (eucariotas, procariotas y virus), frente a la mayoría de los sistemas bioinformáticos actuales que sólo trabajan a nivel de bacterias. Esta nueva herramienta bioinformática también es la primera que integra automáticamente todos los niveles jerárquicos de la clasificación taxonómica (desde el reino hasta la subespecie) con la clasificación funcional. Además, es el primer software online que permite hacer un análisis comparativo entre muestras en tiempo real (también conocido como metagenomica comparativa). Esto permite que el análisis sea mucho más amplio, rápido y eficiente.

Además, debido a su interfaz gráfica e intuitiva y sencillez de uso, Gaia no requiere formación especializada; cualquier investigador que no sea experto en bioinformática la puede utilizar y evaluar fácilmente el análisis de los resultados obtenidos.

“La principal innovación de Gaia radica en que su funcionalidad y prestaciones son iguales o superiores a otros softwares, pero su facilidad de uso i rapidez es mucho mayor. Por otra parte, Gaia es una herramienta SaaS por lo que no requiere la instalación del software en el servidor, al contrario que otros programas que ocupan mucho espacio y ralentizan la velocidad de las terminales de sus usuarios”, declara Riccardo Aiese cofundador y CSO de Sequentia Biotech.